Latar Belakang

Bahagian Akaun Kementerian Kesihatan Malaysia telah sedia wujud sejak tahun 60-an. Pada awalnya ia dikenali sebagai Pejabat Perakaunan Jabatan Mengakaun Sendiri (PPJMS). Pada masa itu, pejabat ini diterajui sebilangan kecil pegawai dan kakitangan sahaja bagi memulakan peranan atau operasi Jabatan Akauntan Negara dan memberikan perkhidmatan perakaunan khusus kepada Kementerian Kesihatan Malaysia.
 
Apabila Kerajaan melaksanakan Sistem Belanjawan Program Dan Prestasi, Pejabat Perakaunan Jabatan Mengakaun Sendiri (PPJMS)telah diperkukuhkan lagi dengan mewujudkan Bahagian Akaun secara berasingan daripada Bahagian Kewangan. Ketua Bahagian Akaun digelar Setiausaha Bahagian yang melapor terus kepada Timbalan Ketua Setiausaha Kewangan.

Bermula tahun 60-an Bahagian Akaun telah melalui era perubahan secara berperingkat seiring dengan perkembangan teknologi sistem perakaunan itu sendiri. Penyusunan semula struktur organisasi telah berlaku pada tahun 1992, 2004, 2006 dan terkini pada tahun 2014.